- Sivil Havacılık Araştırma ve Uygulama Merkezi (SHAUM)
- Açık ve Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi (ESTUZEM)
- Çevre Sorunları Uygulama ve Araştırma Merkezi (ÇEVMER)
- Eskişehir Kalibrasyon ve Ölçüm Teknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi
- İleri Teknolojiler Uygulama ve Araştırma Merkezi (İTAM)
- Uygulamalı Eğitimde İnsan Bilgisayar Etkileşimi Ortak Uygulama ve Araştırma Merkezi
- Seramik Araştırma Merkezi
- Türkçe Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi (ESTÖMER)